La storia di Bali parte dall'età della pietra e forse anche prima. I mercanti indiani portarono l'hinduismo nell'arcipelago indonesiano e alcune iscrizioni, su una colonna di pietra vicino a Sanur, risalgono al IX secolo d.C. circa. La cultura hindu giavanese si diffuse a Bali nella prima metà del XI secolo, quando furono scavati i santuari nelle rocce di Gunung Kawi. Grazie ad artisti, danzatori e musicisti giavanesi che cercarono rifugio a Bali si respirò un periodo di fervente attività culturale. Nel 1597 sbarcarono gli olandesi che si innamorarono dell'isola al punto di rifiutare di partire e presero poi il controllo del commercio delle spezie togliendolo al Portogallo.

Poi le grandi manovre per il comando che portarono alla morte di 4000 balinesi. Con la resa o la sconfitta di altri regni locali, l'intera isola passò sotto il controllo olandese ed entrò a far parte delle Indie Orientali Olandesi con la conseguente modesta crescita di un'economia di sfruttamento coloniale che non produsse mutamenti nella vita della gente comune: sotto il governo dei ragià o dell'Olanda la situazione era più o meno la stessa. Nonostante il lungo prologo, la colonizzazione olandese non avrebbe avuto vita lunga: nel 1942 il Giappone invase l'isola.

Alla fine della guerra, il leader indonesiano Sukarno proclamò l'indipendenza dell'Indonesia, ma ci vollero ben cinque anni perché l'Olanda capisse che non avrebbe più ottenuto la sua colonia. Ancora nel 1946, la battaglia di Marga si concluse con la totale eliminazione di un gruppo della resistenza balinese, quasi una riedizione del puputan di mezzo secolo prima. Infine, nel 1949, l'Olanda riconobbe l'indipendenza dell'Indonesia. Nel 1965, un tentativo di colpo di stato attribuito al partito comunista portò alla caduta di Sukarno, ma il generale Suharto represse il colpo di stato dando prova di grande abilità militare e politica.